Für rund drei Jahrhunderte – zwischen 1506 und 1811 – war Frankfurt an der Oder die Stadt der ersten brandenburgischen Landesuniversität. Bei der Universitätsgründung durch Kurfürst Joachim I. im Jahr 1506 waren die treibenden Kräfte der kurfürstliche Rat Eitelwolf vom Stein und der Lebuser Bischof Dietrich von Bülow. Die Viadrina (lat.: die an der Oder gelegene) galt bald als bedeutende Bildungsstätte für den brandenburgisch-preußischen Beamtenstaat, fanden sich doch viele Professoren und Absolventen in den höchsten Ämtern Preußens wieder. Juristen waren als Diplomaten und Beamte im Staatsdienst tätig, Theologen der Viadrina gehörten zu den obersten Kirchenherren der Mark Brandenburg und Frankfurter Medizinprofessoren waren Leibärzte des Kurfürsten. Zu den berühmtesten Namen in den Matrikelbüchern zählen die Brüder Wilhelm und Alexander von Humboldt, Ulrich von Hutten, Carl Philipp Emanuel Bach, Thomas Müntzer und Heinrich von Kleist. Gründungsrektor der Viadrina war der Theologieprofessor Conrad Wimpina, zuvor Rektor der Universität Leipzig.

Nach anderen frühneuzeitlichen Vorbildern gegliedert, umfasste die Universität an der Oder vier Fakultäten, an erster Stelle die theologische, ferner die juristische, die medizinische und die philosophische. Namentlich an der philosophischen Fakultät wurde ein breites, an die 25 Disziplinen umfassendes Spektrum von Fächern gelehrt, u.a. Mathematik, Physik, Astronomie, Rhetorik, Geschichte, Musik sowie seit dem frühen 18. Jahrhundert auch die neuen, für angehende Staatsbedienstete wichtigen Kameralwissenschaften. Frankfurt war für Studienanwärter aus dem märkischen, pommerschen, Lausitzer, schlesischen und großpolnischen Umland und aus dem entfernteren Osten aufgrund seiner geographischen Lage im ostelbischen Europa eine erste Station, an der sie ihre Studien begannen, um sie dann, wie es vielfach üblich war, an einem anderen Ort fortzusetzen. Unter den Ausländern an der Viadrina nahmen die Studenten aus Polen-Litauen mit 1.348 Immatrikulierten den ersten Platz ein. Im 17. Jahrhundert weilten mit 456 die meisten polnischen Studenten in der Oderstadt. In der Mehrheit waren die osteuropäischen Studenten Angehörige der theologischen Fakultät.

Die alte Viadrina schloss 1811 vor dem Hintergrund der im Vorjahr erfolgten Gründung der Berliner Universität, die heute den Namen der Gebrüder Humboldt trägt, ihre Pforten. Einige der Frankfurter Professoren lehrten anschließend an der neuen Universität in Berlin. Das gesamte Inventar, die Bestände der Universitätsbibliothek und weite Teile der Gelehrten übersiedelten jedoch nach Breslau (Wrocław), so dass die Viadrina folglich mit der dortigen Leopoldina vereinigt wurde.