Selbstabgrenzung von Einwanderern im Zusammenhang mit Identitätspolitiken im Zentrum (Schiffauer 1987, 1991, 1997, 2004, 2008). In seinen Arbeiten zu den religiösen Gemeinschaften des Kalifatsstaats (2000) und der Islamischen Gemeinschaft Milli Görüş (2010) setzt er sich mit dem Thema der Dynamik von transnationalen Vergemeinschaftungen auseinander, die sich aus dem Operieren in unterschiedlichen, nationalstaatlich voneinander abgegrenzten organisationellen Umwelten ergibt. Seine Analyse des Identitätswandels der zweiten Generation von Muslimen in Europa (2007) behandelt die Veränderungen im transnationalen Bezugsrahmen. Im Zusammenhang mit seinen kritischen Analysen der Sicherheitspolitik in Bezug auf die islamischen Gemeinden (2006, 2008) untersuchte er die polizeistrategischen Maßnahmen des Begrenzens, Isolierens und Bekämpfens von als problematisch erachteten Gemeinden und analysierte die nicht intendierten Folgen dieser Maßnahmen in Bezug auf die Dynamiken von Radikalisierung und De-radikalisierung.